若叶镇的健太和自己的宠物小精灵们一起进行着修行之旅。旅途中，他遇到了少女真理惠。久别重逢，为了确定彼此的实力，两人展开了一场宠物小精灵比赛。 然而，比赛才开始，天空却突然聚集起了雷云，雷鸣也随之轰轰作响。与此同时，专门捕捉宠物小精灵的二人组突然登场，他们驾驶着巨大的机器抓走了许多精灵。 正当健太和真理惠与之对抗之时，传说中的宠物小精灵雷神出现了……

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